[目的/意义]对福建省高校科技创新能力进行深入分析研究，有助于福建省高校利用评价结果进行自我诊断，促进高校科技创新进一步科学发展，为开展我国高校科技创新能力评价提供有益的探索和实践经验。[方法/过程]运用对标分析法，以台湾高校科技创新能力作为对比，发现福建省高校科技创新能力存在的不足，先构建高校科技创新能力评价指标体系，用熵权法确定指标权重，然后运用TOPSIS法对闽台两地的高校科技创新能力进行动态综合评价。[结果/结论]福建省高校的科技创新能力相较台湾地区高校存在一定的差距，尤其在科技创新投入能力和产出能力方面。福建省应加大对高校的科技创新投入，并促进高校提升科技成果转化率，优化各地区资源配置，以提高高校科技创新能力。