红曲由红曲菌发酵而得，为提高红曲质量，需对红曲菌进行分离鉴定并筛选优质菌株，而当前红曲菌的鉴定方法和优质菌的筛选方法仍有不足。为此，本文在构建红曲菌菌株库的基础上，对比形态学鉴定和分子生物学鉴定对红曲菌物种鉴定的异同，通过相关性分析提出合理鉴定方案，同时对不同形态学分型的菌株测定色素和桔霉素产量，结合产量换算方法筛选出优质红曲菌。结果：单个红曲中可能存在多株形态不同的红曲菌，以44个红曲样本为菌源构建了45个不同形态学分型，共计148株红曲菌的菌株库。形态学分析表明多数红曲菌与紫色红曲菌、橙色红曲菌及丛毛红曲菌形态相似，而ITS　r　DNA测序和18S　rDNA测序易将未知红曲菌匹配至紫色红曲菌、丛毛红曲菌和红色红曲菌。相关性分析表明ITS　rDNA测序相比于18S　rDNA测序更接近于形态学分析结果。由于ITS　rDNA测序的基因对比库中可参照菌株的种类与数量较多，在多种鉴定方法存在结果差异时，建议优选ITS　rDNA测序结果。最后同时参考色素产量、桔霉素产量、桔霉素产量与色素产量之比值3个指标筛选出高产色素(83.3　U/mL)和低产桔霉素(81.5　ng/mL)的菌株红曲菌MZT27，以黄色素与总色素的比值筛选出高产黄色素的菌株红曲菌MZT39(黄色素占比70.06%)。本文旨在为红曲霉种质资源的挖掘和红曲质量的提升提供借鉴。