生境质量评估给探究土地利用变化与生物多样性之间的关联机制提供了有效接口。采用InVEST模型评估2000—2020年间珠江源区生境质量时空演变特征，衡量土地利用变化对生境质量的影响。结果表明：研究期间，建设用地变化幅度最大，面积增加321.48　km~2,草地面积降低最显著。珠江源区生境质量整体处于较高水平，呈小幅下降趋势，低值区集中于城镇中心和农业主产区，南部和北部山地生境质量高。生境质量变化的冷点在南盘江沿岸曲沾坝子的聚集效应最显著，热点数量少且分布零散。在各类自然保护地中，会泽驾车自然保护区生境质量最低，珠江源自然保护区生境质量有轻微降低态势，主要原因是局部地区草地向耕地的转变。土地功能变化驱使的生境质量退化贡献率是改善贡献率的5.6倍，城乡建设空间侵占草地生态空间和农业生产空间是珠江源区生境质量降低的主导因素。建设用地扩张的贡献度从2000—2010年的69.9%降为2010—2020年的46.7%,2010—2020年间来自耕地扩张的退化威胁超过路网建设成为次要威胁源。珠江源区仍需加大自然保护地的管控力度，严格落实土地用途管制，以保障生态系统的无净损失和完整性。