针对传统森林生态系统健康评价指标过多、评价周期较长和空间信息不够精确等问题,协同多源遥感和基础地理数据,采用＂驱动力-压力-状态-响应-影响＂模型选取23个指标,确定了适用于塔里木河下游的荒漠森林生态系统健康评价方法,并分析生态输水前后其健康时空变化特征及趋势.结果表明:1)1989—2018年,森林生态系统健康等级Ⅰ和Ⅱ的比例从1989年的19.61％迅速降低到2000年的0.29％;生态输水后,这一比例又波动性增长到2018年的40.96％,呈整体改善、局部退化、恢复与受损并存的时空分布格局;2)热点由强聚集组团式向弱聚集条带式转变,平均中心由兵团农垦区向生态保护区移动,其健康恢复速度高于受损速度;3)当生态输水量大于5×108　m3时,即可保证25％左右的荒漠森林生态系统处于较健康水平,这可有效降低其健康对间断性输水的敏感性.