在红曲黄酒酿造真菌菌群DGGE解析过程中,引物的选取十分关键。本文建立了一种适合于黄酒酿造体系中真菌菌群多样性解析的PCR-DGGE引物筛选方法。该方法从红曲黄酒酿造真菌菌群的序列特性出发筛选引物,筛选指标包括引物对的匹配情况及其扩增片段的区分度、平均差异度、平均长度和平均GC含量等序列特性,通过综合比较各引物对之间指标的优劣来确定最适引物对。分别利用新构建的PCR-DGGE引物筛选方法和DGGE多样性分析对3对常用的真菌引物进行评估。结果表明,两种方法均显示NS1/GCFung引物扩增效果好,区分度最高,最适合于红曲黄酒酿造体系真菌菌群多样性解析。采用本方法选取的引物具有很强的针对性,可以省去繁琐的多引物筛选或联用的试验操作工作。本方法还可为其它酿造体系或微生物体系的微生态研究提供借鉴。