讨论了基座存在弹性情况下，载体位置、姿态均不控的空间站柔性关节机械臂系统控制问题。利用拉格朗日方法结合动量守恒定律，建立了弹性基座空间站柔性关节机械臂系统动力学方程。以此为基础，依据级联控制法，将系统分解为弹性基座刚性臂子系统和关节柔性电机转子子系统。对于弹性基座刚性臂子系统，为了主动抑制弹性基座柔性振动，运用虚拟力的概念，构造同时反映柔性模态和刚性运动轨迹的混合期望轨迹，通过改造原有的控制方案，提出基于虚拟力概念的鲁棒自适应滑模控制器控制策略，由于运用了虚拟力的概念，从而仅通过设计一个控制输入便可同时保证刚性轨迹跟踪并对载体基座的弹性振动进行主动抑制，更适应于空间站柔性关节机械臂系统的实际应用。同时，针对系统参数未知的情况，利用级联控制方法能够有效地抑制柔性关节的振动。理论分析及仿真算例均表明了控制方法的可行性。