交通运输业能耗强度、碳排放强度的上升趋势，与其他行业稳步下降的趋势相悖，使得交通运输业逐步成为节能环保的短板之一。本文在考虑CO2排放约束的前提下，构建超效率非期望MinDS模型，评价1995—2013年中国30省份交通运输业能源效率，并利用Global　Malmquist-Luenberger指数，动态分析效率的变化情况。研究表明，各地区交通运输业能源效率总体呈反N型波动下降；东部、西部地区各省表现出较大差异性；中部、东北地区内各省表现出一致性，但整体水平较低；超效率非期望MinDS模型有效克服了非期望SBM模型无法完全排序和低估效率结果的问题；造成交通运输业能源效率下降的主要因素是技术效率的下降，但这一状况将在未来得到改善。