【目的】探究离子交换色谱技术作为大鼠粪便样本预处理方法的可行性。【方法】采集大鼠粪便样本后分别进行3种预处理：对照组（Con组）、离心分离预处理组（Cen组）和色谱分离预处理组（Chr组），比较不同预处理方法下样本的DNA提取质量、16S　rRNA扩增子高通量测序结果及特定菌群的实时荧光定量PCR结果的差异。【结果】Chr组样本提取的DNA质量浓度分别是Cen组和Con组的1.44倍和6.49倍；Con组样本的操作分类单元（OTUs）数量为2　630个，而Cen组和Chr组分别增至3　220个和3　223个。α多样性分析和β多样性分析结果表明，Chr组样本具有更高的微生物多样性，且组内样本间相似度高、重现性好。实时荧光定量PCR结果表明，3组样品的青春双歧杆菌（Bifidobacterium　adolescentis)丰度差异极显著：Chr组样本的青春双歧杆菌丰度最高，其次是Cen组，Con组最低；当菌悬液添加量从100μL增至200μL时，Con组的青春双歧杆菌丰度无显著差异（P＞0.05），而Cen组和Chr组分别提升至1.32倍和1.70倍，这表明离子交换色谱能更好地保留粪便样本中的微生物。【结论】离子交换色谱作为大鼠粪便样本的预处理方法　，能够显著提高肠道菌群分析的重现性和灵敏度。