基于复合系统协同度理论，构建福州与厦门国家海洋经济发展示范区“四链”融合复合系统评价指标体系和模型，采用层次分析法计算指标权重，运用构建的“四链”融合复合系统协同度模型和指标体系对示范区创新链、产业链、资金链、人才链“四链”之单链有序度、整体协同度和两两协同度进行测算。结果表明：福州国家海洋经济发展示范区产业链与资金链协同度表现较好，产业链与创新链、资金链与人才链协同度不足，创新链与产业链、资金链、人才链的协同度存在波动，应在产业链与创新链、人才链与创新链融合上采取更多措施；厦门国家海洋经济发展示范区产业链与资金链、资金链与人才链的协同度较好，但创新链与人才链、产业链与创新链的协同度不足，也应在产业链与创新链、人才链与创新链的融合上加大力度。