目的　为满足监测单位实时调查胶红酵母分子流行病学,筛选高效、快速、经济的分子分型方法,以实现胶红酵母临床分离株的分子流行病学本地化监测.方法　收集中国医院侵袭性真菌病监测网(CHIF-NET)2010—2019年19所医院引发侵袭性感染的胶红酵母临床分离株73株,以及纳入21株环境分离株,基于DNA序列特征,筛选可本地化应用的胶红酵母分子流行病学监测方法.结果　结合rDNA上ITS序列和D1/D2序列共鉴定出12个rDNA序列型,59.6％(56/94)的菌株为rDNA序列2型,其中流行簇菌株占比92.9％(52/56);73个临床分离株共鉴定出49个微卫星型别,分辨力为0.986,流行簇菌株分属30个微卫星型别.结论　应用rDNA　序列分型可实现胶红酵母流行簇菌株的本地化甄别.当监测到rDNA序列2型胶红酵母临床株时,提示流行株在医院环境中持续存在.