Purpose　To　investigate　the　changes　in　meibomian　gland　(MG)　structure　in　allergic　conjunctivitis　(AC)　patients　using　an　intelligent　quantitative　analysis　algorithm　and　to　explore　the　relationship　between　these　changes　and　clinical　parameters.　Methods　A　total　of　252　eyes　from　patients　with　AC　and　200　eyes　from　normal　controls　were　examined.　Infrared　meibography　was　performed　using　the　non-contact　mode　of　the　Keratograph　5M.　MG　images　were　analyzed　using　a　deep　learning-based　a　quantitative　analysis　algorithm　to　evaluate　gland　length,　area,　dropout　ratio,　and　deformation.　Clinical　parameters,　including　tear　meniscus　height,　tear　break　up　time　(TBUT),　conjunctival　hyperemia,　and　Ocular　Surface　Disease　Index　(OSDI)　scores,　were　assessed　and　correlated　with　changes　in　the　structure　of　MG.　Results　The　average　MG　length　in　AC　patients　was　4.48　+/-　1.04　mm,　shorter　compared　to　the　control　group　(4.72　+/-　0.94　mm).　The　average　length　of　the　central　5　glands　in　AC　patients　was　4.94　+/-　1.67　mm,　which　was　also　shorter　than　the　control　group＇s　central　5　glands　(5.38　+/-　1.42　mm).　Furthermore,　the　central　5　glands＇　area　in　AC　patients　(1.61　+/-　0.64　mm2)　was　reduced　compared　to　the　control　group　(1.79　+/-　0.62　mm2).　Tear　meniscus　height　was　lower　in　the　allergy　group　(0.26　+/-　0.10　mm)　compared　to　the　control　group　(0.44　+/-　0.08　mm)　(P　＜　0.05).　The　non-invasive　first　tear　film　break-up　time　was　shorter　in　the　allergy　group　(8.65　+/-　6.31　s)　than　in　the　control　group　(10.48　+/-　2.58　s)　(P　＜　0.05).　Conjunctival　congestion　was　higher　in　the　allergy　group　(1.1　+/-　0.52)　compared　to　the　control　group　(0.97　+/-　0.30)　(P　＜　0.05).　The　OSDI　score　in　the　allergy　group　(8.33　+/-　7.6)　was　higher　than　that　in　the　control　group　(4.00　+/-　0.50)　(P　＜　0.05).　Correlation　analysis　revealed　that　the　gland　dropout　ratio　was　positively　associated　with　male　gender　and　negatively　associated　with　age　and　OSDI　scores.　Additionally,　despite　an　increased　number　of　MG,　tear　film　stability　was　not　improved.　Conclusion　Through　the　intelligent　quantitative　algorithm,　we　found　that　AC　leads　to　significant　changes　in　MG　structure,　particularly　affecting　gland　length　and　central　area.