为了更准确地评价长江经济带的绿色创新效率，综合考虑环境异质性、决策单元异质性和所有最优权重信息，构建了双重异质性DEA区间交叉效率模型，提出了单重异质性DEA区间交叉效率评价思想，对2013～2020年长江经济带沿线95个城市的绿色创新效率进行了评价，研究结果表明：(1)考察期内，无论在双重异质性还是单重异质性下，长江经济带整体绿色创新效率均未达到有效状态。但在单重异质性下，整体绿色创新效率呈现上升态势，且具有明显的阶段特征。(2)双重异质性下，长江经济带下游地区的绿色创新效率与城市发展水平不一致。(3)单重异质性下，绿色创新效率具有“下游优于中游，中游优于上游”的空间分布格局。(4)双重异质性下，长江经济带上游、中游、下游地区绿色创新效率最高的城市分别为遂宁、邵阳、亳州；单重异质性下，遂宁的绿色创新效率最高。基于上述结论，结合长江经济带各区域位置和城市发展阶段，提出了提升长江经济带绿色创新效率的建议。