为探究β-琼胶酶AgaZC-1不同层次的结构特征，本研究基于序列信息，采用生物信息学手段对来源于海洋弧菌Vibrio　sp.ZC-1的β-琼胶酶进行各级结构的预测与分析。结果表明，AgaZC-1共930　aa，理论分子量为104.80　k　Da，理论等电点为4.79，无跨膜区和信号肽，稳定且亲水；二级结构以无规则卷曲为主，其次为α-螺旋和延伸链，β-折叠数目最少。AgaZC-1属于GH42家族，拥有Glyco＿hydro＿42、Agarase＿CBM和GanA三种结构域以及10个保守基序；采用Phyre2成功构建酶蛋白3D结构并通过合理性分析。AgaZC-1是一个来自GH42家族的稳定亲水酶蛋白，以Random　coil为主要二级结构并成功构建三维模型，结构分析将为后续的分子对接、分子改造及构效研究等提供信息参考。