滨海湿地生态系统碳（C）固存效率受到微生物分解者维持养分循环和能量流动相关的代谢能力的影响.为了探究滨海湿地不同植物群落土壤微生物代谢限制状况和碳利用效率（Carbon　Use　Efficiency,　CUE），本研究在九龙江河口湿地中单一红树林群落、单一互花米草群落、红树林与互花米草交错带内以红树林为主的群落和以互花米草为主的群落4个生境采集表层（0～5　cm）和深层（20～40　cm）土壤样品，测定土壤理化指标、土壤微生物生物量的C、氮（N）、磷（P）含量及胞外酶活性，并通过胞外酶活性的C、N、P比例计算矢量长度（VL）和矢量角度（VA）量化微生物的C限制和P限制，通过生物地球化学模型计算微生物CUE.结果表明，4个生境土壤微生物普遍受到C限制和P限制.表层土壤和深层土壤的微生物CUE随生境变化表现出不同的规律，表层土壤微生物CUE随生境显著变化，植被竞争显著降低了微生物CUE，而深层土壤微生物CUE在各个生境保持相对稳定.RDA分析结果发现，不同土层微生物代谢限制与环境因子的相关关系不一致.表层土壤养分与微生物CUE呈正相关关系，与C限制程度呈负相关关系，微生物生物量C、N、P与CUE、P限制程度呈正相关关系，与C限制呈负相关关系，而深层土壤微生物CUE和C限制程度与SOC相关性均较弱，微生物P限制程度与微生物生物量C呈负相关关系.综上所述，我国亚热带河口互花米草入侵红树林湿地后显著影响了湿地表层土壤微生物代谢特征和CUE，混生植物群落内土壤微生物面对更强的C限制，维持更高的胞外酶C∶N、C∶P和更低的CUE，将加剧滨海/河口湿地土壤C库损失.