在财产权保障理论的指引下，法院按照“无依据，则无补偿”“如何补偿，由行政机关自主裁量”的逻辑来裁断生态补偿案件，而“依据”的制定者为行政机关，最终造成行政机关主导着补偿给谁、补偿多少等生态补偿问题的界定和解决，以致于“案结事不了”。尽管财产权保障理论为早期生态补偿制度设计提供了理论依据，但是无法解释2014年《环境保护法》修订以来生态补偿制度的发展实际。结合当前生态补偿的立法规定，生态补偿理论依据应当是保障平等发展权。有别于行政补偿制度，生态补偿是由国家、生态环境保护受益者给予公民、法人或其他组织因生态环境保护造成平等发展权益损失的补偿制度。其中，国家对私主体的生态补偿属于基础性补偿，在此基础上，同级政府之间、平等主体之间通过生态补偿共享发展利益，以最大限度地弥补平等发展权受限制的地区和个人的利益损失。