长周期地震动易使隔震结构地震响应强烈，考虑土-结构相互作用（SSI效应）后隔震结构可能更不利。为探究长周期地震动下软弱夹层地基SSI效应对层间隔震结构的动力响应规律及减震性能的影响，开展刚性、软夹层地基上大底盘单塔楼层间隔震结构的数值模拟和振动台试验。结果表明：考虑SSI效应后结构的自振周期较刚性地基增大，但采用隔震技术后延长的周期倍数降低；软夹层地基对输入地震动具有明显放大和滤波效应，与地震动的峰值和频谱特性相关；SSI效应对层间隔震结构的地震响应以放大作用为主，对下部底盘和隔震层的影响较大；考虑SSI效应后长周期地震动下隔震结构的地震响应较普通地震动更为强烈，减震效果变差，特别是近场脉冲地震动下隔震层位移超限，体系发生失效破坏。