实行海洋功能区划制度,可以从宏观上指导全国的海洋资源开发利用活动,建立良好的海洋资源开发利用秩序,充分利用海洋资源,发挥其综合效益,形成合理的海洋产业结构和生产布局;协调各海洋产业、沿海各地区之间在海洋资源开发利用活动中的关系,为加强和实施海洋资源开发利用的行政管理提供科学依据;为保护海洋环境,维持良好的海洋生态系统提供依据。编制海洋功能区划的原则是：按照海域的区位、自然资源和自然环境等自然属性,科学确定海域功能;根据经济和社会发展的需要,统筹安排各有关行业用海;保护和改善生态环境,保障海域可持续利用,促进海洋经济的发展;保障海上交通安全;保障国防安全,保证军事用海需要。海洋功能区划制度的实施程序主要包括海洋功能区划的编制、审批、实施和修改。