目的:探讨红曲黄酒酿造用曲中酵母菌多样性以及传统酿造过程中酵母菌菌群结构变化,为我国传统红曲黄酒中酵母菌资源的利用和对传统酿酒的有效控制及现代化酿酒新工艺的建立提供基础数据.方法:收集福建各地区的红曲黄酒酿造用曲20份,从中分离纯化出300株酵母菌,通过ITS1-5.8S-ITS2的PCR-RFLP指纹图谱对酵母菌进行分型,从各个分型类群中随机选取代表菌株,利用26S　rDNA基因D1/D2区域序列分析进行分类鉴定；并采用PCR-RFLP快速分型鉴定技术分析红曲黄酒传统酿造过程中酵母菌菌群结构的变化.结果:从红曲黄酒酿造用酒曲中总共分离鉴定出12种类型酵母菌,其中扣囊复膜孢酵母(Saccharomycopsis　fibuligera)、酿酒酵母(Saccharomyces　cerevisiae)和弗比恩毕赤酵母(Pichia　fabianii)是酒曲中3种主要的酵母菌类型.红曲黄酒传统酿造过程酵母菌群的跟踪分析共鉴定出4种酵母菌,即酿酒酵母、扣囊复膜孢酵母、季也蒙毕赤酵母(Pichia　guilliermondii)、粘性红圆酵母(Rhodotorula　mucilagnosa).在酿造前期扣囊复膜孢酵母是优势酵母菌,而在酿造的后期,酿酒酵母完全取代之成为优势菌.结论:红曲黄酒酿造用酒曲中的酵母菌具有丰富的生物多样性,红曲黄酒传统酿造过程酵母菌菌群结构处于动态变化,最终酿酒酵母成为酿造体系的优势酵母菌.