目的：研究福建草珊瑚基地不同地理种源的草珊瑚遗传多样性,构建亲缘关系图。方法采用CTAB法提取叶子中DNA,ISSR法对45个种源的草珊瑚样品进行DNA分子水平的分析评价,POPgen32软件计算遗传多样性,建立基因树谱,采用NTSYS软件进行聚类分析。结果6条ISSR引物共扩增出630条条带,遗传多样性分析表明45个品种平均有效等位基因数为1.6202,平均Nei＇＇s基因多样性指数为0.3645,平均Shannon信息指数为0.5432。各位点遗传多样性程度也存在较大差别,Nei＇＇s基因多样性指数最大值为0.4972,最小值为0.1078；Shannon信息指数最大值为0.6903,最小值为0.2192。聚类分析结果显示,以45个品种和14个位点的谱带数据为原始矩阵,共获得630个两两不同品种间的遗传相似系数,不同组之间相似系数最大者为1.0,最小者为0.516。结论福建三明种植的草珊瑚品种间存在丰富的遗传变异,具有丰富品种的分子基础。以0.610为阈值可以把45个不同地理种源的草珊瑚分为6个组。遗传距离与种源地理远近无明显相关。