PCR-DGGE引物的选取对于特定微生物生态中菌群多样性的研究十分关键,本文建立了一种适合于所研究体系菌群多样性解析的PCR-DGGE引物的筛选方法.从所研究体系的菌群序列特性出发进行引物筛选,筛选指标包括引物对的匹配情况及其扩增片段的区分度、平均差异度、平均长度和平均GC含量等序列特性,通过综合比较各引物对之间指标的优劣来确定最适的引物对.采用本方法选取的引物将具有很强的针对性,可以省去繁琐(传统)的多引物筛选或联用的实验操作工作,有助于应用PCR-DGGE技术对所研究微生态体系的菌群多样性进行快速而准确的解析.本文以红曲黄酒酿造体系中的真菌菌群为研究对象,利用构建的PCR-DGGE引物筛选方法对三对常用的真菌PCR-DGGE引物对进行评估.从引物对的匹配情况以及其扩增片段的区分度这两项核心指标来看,FR1-FF390和NS　1-Fung这两对引物对与所研究体系菌群匹配情况均属良好,且两者的区分度一样均为12/15；而引物对NS3-YM951r匹配性较差且区分度为10/15,是三者之中最小的.从其它三项辅助指标来看,引物对NS1-Fung扩增片段的平均长度最短为329bp、平均GC含量最低为41.42％,而平均差异度则和引物对FR　1-FF390的接近.因此在分析的三对引物对中,引物对NS1-Fung是最佳引物,即其是最适合于红曲黄酒酿造体系真菌菌群多样性解析的.